Akcja została rozpięta pomiędzy oczekiwaniem na potomka pary królewskiej (lato 1399) i nieoczekiwaną śmiercią królowej Jadwigi, a zwycięską bitwą z Zakonem. Takie rozwiązanie sprawiło, że pisarz nie mógł równomiernie ukazać tak dużego przedziału czasowego (stąd zarzuty, że jest to utwór pisany całostkami kompozycyjnymi wyraźnie wyodrębnionymi, ale bez planu całości - jak stwierdził Adam Kulawik7). Pisarz miał ważne powody, by przedstawić losy bohaterów od 1399 r. Wtedy bowiem żyła jeszcze królowa Jadwiga, której postawa wobec polsko-krzyżackich kontaktów i modelowa pobożność miały zasadnicze znaczenie dla rozwoju przyszłych wypadków w planie historycznym. Pobożna pani w imię chrześcijańskich ideałów powstrzymywała gniew męża i odwet za krzyżackie nadużycia. Jej świątobliwa postać jest ciągle wspominana przez bohaterów i promieniuje na naród, który od niedawna wyznaje naukę Chrystusa. Na końcu utworu rozgrywa się ostateczna batalia z Krzyżakami, którą Jadwiga przewidziała przed śmiercią - przepowiedziała bowiem, że po jej odejściu Jagiełło nie będzie długo tolerował postępowania niemieckich rycerzy. W tej swoistej klamrze, wiążącej powieść, zamykają się zdarzenia historyczne mniejszej rangi oraz losy postaci z planu fikcyjnego. Sienkiewicz powiela tu wypracowany przez siebie model powieści historycznej, w której bohater zakochuje się w pięknej pannie i musi przeciwstawić się negatywnemu rywalowi - w tym wypadku porywaczom Danusi. Ów schemat wypełniają szczegóły dotyczące metod działania, życia codziennego, przeżyć itp.
Głównym wątkiem powieści jest miłość Zbyszka z Bogdańca do Danusi, a potem do Jagienki. Został on wtopiony w mniej eksponowany, ale stanowiący jakby historyczną matrycę faktów, wątek konfliktu polsko-krzyżackiego. Obydwie te linie wydarzeń zazębiają się z pobocznym, ale istotnym dla ukazania losu Danusi oraz krzywd ze strony Zakonu, wątkiem ukazującym tragiczne losy Juranda ze Spychowa. W powieści jest kilka wątków o mniejszym znaczeniu dla wymowy całości, ale ważnych dla zbudowania szerokiego obrazu kultury ludzi tej epoki, np. losy Maćka z Bogdańca, rywalizacja Cztana i Wilka, działalność Sanderusa ujawniająca charakter polskiej pobożności w okresie średniowiecza, dzieje Zygfryda de Löwe. Wątek skupiony wokół osoby Zbyszka oraz międzynarodowy konflikt z Krzyżakami stale się z sobą przeplatają. W ich sieć inkrustowane są pozostałe, o mniejszym zasięgu czasowym, oraz liczne epizody.
Jak przystało na powieść „krzepiącą ducha narodowego”, zarówno bohater pozytywny Zbyszko jak i moralnie piękny uciemiężony naród polski wraz z litewskim odnoszą chlubne zwycięstwo. Chociaż Danusia umiera, jej szlachetna delikatna postać i doznana krzywda mobilizują Zbyszka do dalszych działań przeciwko Zakonowi. Ostatecznie zasługuje on na dobrą żonę, która od dawna na niego czeka i pozwoli mu przedłużyć ród w kolejne pokolenie. Jest nią Jagienka Zychówna, zupełne przeciwieństwo Danusi, ale osoba równie szlachetna i kochająca Zbyszka. Wszystkie elementy kompozycji są podporządkowane idei utworu, który ukazuje prawość i patriotyzm Polaków w dążeniu do obrony własnej tożsamości narodowej.
Tom I rozpoczyna spotkanie w gospodzie Maćka i Zbyszka z krakowianami oraz - nieco później - z księżną Anną Danutą i jej dworem, wśród nich z piękną dworką - Danusią, która od razu urzekła urodą Zbyszka. Część ta kończy się polowaniem na bobry, w którym razem uczestniczą Jagienka i Zbyszko.
Na początku tomu II opat proponuje Zbyszkowi rozwiązanie ślubów wiążących go z Danusią, by mógł ożenić się z Jagienką, ten jednak zachowuje się jak przystało na rycerza i rezygnuje z oferty. Na końcu tej części Jurand ze Spychowa przybywa do Szczytna, by odzyskać ukochaną córkę z rąk Krzyżaków, stoi upokorzony pod bramą, aż ostatecznie zostaje wpuszczony.
W tomie III Jurand doznaje wielkiego poniżenia, nie odzyskuje dziecka, zostaje okrutnie okaleczony. Narrator przedstawia poszukiwania Danusi i odnalezienie jej przez Zbyszka.
IV tom rozpoczyna relacja z powrotu z Danusią do Spychowa, jej śmierć i rozpacz Juranda oraz Zbyszka. Mąż Danusi podnosi się powoli z cierpienia, żeni się z Jagienką, osiada w wybudowanym dlań przez Maćka kasztelu, następnie wyrusza do walki z Krzyżakami, dzielnie potykając się pod Grunwaldem i szczęśliwie wraca do rodziny. Końcowy akcent - szczęśliwe rozstrzygnięcie w planie narodowym i osobistym głównych bohaterów - napawa optymizmem na dobre rozwiązanie aktualnych problemów ojczyzny.